Las investigaciones desarrolladas por el Centro de Planificación y Gestión tienen un enfoque que permite el aprovechamiento de las ventajas comparativas que brinda la interdisciplina y además permite una interacción dinámica entre investigadores y entre dimensiones de análisis existentes. Las Líneas de Investigación que desarrolla el Centro son:

• Economía y Matemática Aplicada. Además de ser relevantes para la sociedad regional, las actividades de esta línea son importantes para la investigación económica aplicada en general.
• Estudios Sociales. Las temáticas de investigación de esta línea están enfocadas a desarrollar estudios de la población, migraciones, movilidad humana, gestión pública, acceso a los servicios básicos y a la tierra.
• Estudios Espaciales. Esta línea tiene su expresión en el espacio y el medio ambiente y en el campo de las decisiones sobre el territorio y la planificación.